写真はピントが命です。露出は多少ずれても補正できますし、「絶対正しい露出」というものは無いと言ってもいいですから許容範囲が広いのですが、ピントははずれれば終わりです。ですから、がんばって合わせましょう。
全景撮影の場合はカメラまかせであまり問題ありません。
ここではアクティブ測距のカメラは無理がありますので考えません。パッシブ測距であることを前提に書きます。
拡大撮影の場合はピントのズレが目立ちますから、シビアです。と言っても、コンパクトカメラではピントを事前に確認する手段はありませんから、「カメラのオートフォーカス機構をうまく使う。」というのが大切です。デジカメでも内蔵モニター程度の画像ではピントはいまいちわかりません。
さて、カメラのピント検出エリアにはある程度の広さがあります。このエリアの中に複数の距離の異なる被写体がはいってしまう場合、狙ってる被写体じゃないものにピントが合ってしまうことがあります。密植レイアウトの撮影ではありがちな話です。「そんなに距離差はないんじゃないの？」と思っても、拡大撮影ではピントのずれが結構目立ちます。
一眼レフカメラであれば大抵「スポット測距」というのができるので、狙った被写体に合わせることがやりやすいですし、ファインダーで事前にピントを確認することもできます。
コンパクトカメラの場合はさらにパララックスという問題があります。パララックスというのは、境目の目立たない遠近両用メガネのことです。そらバリラックスや。本当はパララックスというのは、ファインダーと撮影レンズの視差のことです。合ってますよね。違ってたらこっそり教えてくださいね。コンパクトカメラは撮影レンズとファインダーレンズが独立しています。被写体が遠い場合は問題ないですが、近い場合ファインダーで見れる（ら抜き表現。いちいちうるさいの〜ATOKは。）範囲と実際にフィルムに写る範囲が異なってしまいます。そのため、ファインダー内に近距離用のフレームが設けられているカメラが多いですが、見える範囲は被写体距離によって異なりますから目安にしかなりません。一眼レフカメラは撮影レンズとファインダー用レンズが共通ですからこういう問題はありません。「一眼」レフたる所以です。
一眼レフカメラはオートフォーカスでもそこそこ撮影できますが、できればマニュアルでピント合わせしましょう。
水草は動きませんからじっくりピントあわせできますので、そんなにむずかしくはありません。マット面で合わせれば、オートフォーカスでの構図の制限から開放されます。
また、魚をがんばって撮影する場合はマニュアルフォーカスにしておいて体を前後させてピントをあわせた方がやりやすいです。この方法はデジカメでも使えます。デジカメのモニターの解像度と画面更新サイクルでは非常にやりにくいですが・・・。