９３年11月５日発売。ＦＣ最後の作品。この作品で初めてラッシュと合体できるようになり、ゲームシステムはこの作品で完成されたと言える。また、ボスキャラ公募も世界が対象になり、２０万通の応募があった。

時代の流れか、ＦＣで出なくなったのは個人的に寂しい気もする。ＦＣならではの「味」ってのもあったし・・・(^^;話は変わるが、Ｍｒ．エックスの正体バレバレ。マニュアル読んだときから分かってしまったぞ（笑）。ま、最後には結局Ｄｒ．ワイリーが出て来るってのはこのシリーズのお約束なんだけどね（笑）。作品については、「５」に比べると若干仕掛けがいやらしくなったけど、シリーズ中では難易度は低い部類に入ると思う。

フレイムマンを倒すとパワーアダプターが、プラントマンを倒すとジェットアダプターが手に入る。ビートパネル入手との関連もあり、この２つは最初の方で手に入れたいので、この順番が一番効率が良い。

道中攻略の要点（特に注意するところ）
フレイムマンステージの油の池は、ファイヤーボーイやファイヤーテリーの炎で燃え上がってしまう。燃え上がると進みにくいので、最後のところ以外では、進む前に溜め撃ちをスタンバイして敵が出てきたら即倒してしまおう。

フレイムブラストは威力が高く、ザコや中ボスには絶大な威力を発揮する。溜め撃ちでは固くて倒しにくい敵に使ってみよう。中ボスでも２〜４発で倒せる。

トマホークマン、ヤマトマン、ナイトマン、ケンタウロスマンステージではビートパネルが取れる。パワーアダプターやジェットアダプターでしか行けないボスの部屋に行くと取れるので、これらのステージでは、そのような通路があったら必ずそちらに行くように。

トマホークマンステージの後半、上下に通路が分岐しているところでは、下をジェットで進めばビートパネルが取れるが、上の通路では、少し進んだ先に隠しパーツ「エネルギーバランサー」がある。上の通路を進み、上に上がってトゲに落ちないぎりぎりの所に立って、左端の壁をパワーアダプターでパンチすると隠し部屋に入れる。アイテムを取ったら、また戻って分岐の下側を進むようにしよう。

ウインドマンステージの扇風機は、思った以上に上昇させられるので、天井にトゲのある所では絶対にジャンプしないこと。ジャンプしないで乗り、風に運んでもらうような感じで。

エックスステージ１面の前半の上がっていくところで、Ｍｒ．エックスの紋章がある所には隠し通路がある。アイテムがたくさん取れるし、何よりも面を大幅にショートカットできるのは大きい。天井にトゲがあるのでうかつなジャンプは出来ない。コツとしては、２つ目の裏返る足場の右側ぎりぎりの所に飛び移って、後はジャンプしないで歩きながらパワーアダプターで壁を壊す。いったん下に落ちたら、今度は足場を使わずにジェットアダプターで部屋に入る。高度をうまく調整して部屋に入ろう。難しいが、多少無理してでも入る価値がある場所なので、根気よく粘ってみよう。

ワイリーステージ４面の最初は、落ちていく途中に左側に武器エネルギーが置いてある。落ちたら、方向キーは左に入れておこう。ボス戦に備えて、シルバートマホークのエネルギーは満タンにしておこう。

ブリザードマン
基本的には、戦う位置は画面中央から左右にそれぞれ１キャラ分ぐらいに固定する。突進攻撃については、敵が球状になったのを見たら即前方にジャンプして避け、その場で待っていると安全。ブリザードアタックは、結晶が出現すると同時に後ろにスライディングするだけで避けられる。硬直している隙にフレイムブラストで攻撃しよう。（Ｓｐｅｃｉａｌ ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 山田しんじさん）

プラントマン
「プラントバリアを張る⇒大ジャンプ⇒バリア発射・・・」を繰り返している。バリアを張っている間は攻撃できないので、ジャンプの下をくぐり、避けに専念する。バリアを発射したらジャンプで避け、ブリザードアタックを撃つと硬直している敵に当てられる。ちなみに、敵がジャンプする位置は、敵が（バリアを放った後）歩き始めた時に自分がいた位置になる。これを利用すれば，ある程度移動範囲を絞って戦える（敵がジャンプする方向に左右される為）。後は同じことの繰り返し。また、「４」のスカルマンや「５」のスターマンなどと同様、バリアそのものには当たり判定はない。（Ｓｐｅｃｉａｌ ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 伝説の勇者さん・山田しんじさん）

トマホークマン
ちょっと恐いが、敵に近づいていた方が攻撃を避けやすい。髪飾りやシルバートマホークを投げてきたらジャンプで避け、その隙にプラントバリアを当てる。髪飾りを避けるときは、まだ塊になっているときにジャンプしよう。溜め撃ちを使う場合は、敵との間合いを画面約半分ぐらいに保つようにする。敵の攻撃は前に大きくジャンプして避けよう。避けたら戻って再び間合いを調整する。敵のジャンプに注意して間合いを調整するようにしていれば、そんなに難しくはない。（Ｓｐｅｃｉａｌ ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 山田しんじさん）

ヤマトマン
攻撃としては、空中から３方向に撃ってくる槍と、地上で撃つ槍のみ。空中のはスライディングで敵の下をくぐったら、槍の隙間に入り込んで避ける。地上で撃ってきたら普通にジャンプで避ける。この場合、敵は槍を拾いに行くので、その隙に攻撃しよう。ちなみに、この状態の時に溜めパンチを当てると、少しながら敵を足止めして拾いに行くのを妨害することが出来る。これを利用して、出来るだけ遠くにスピアを撃たせ、敵との間合いを上手く調整して断続的にパンチを当て続ける、という戦法を取ることも可能。その際は、敵が壁際にいる時に出来るだけ接近し、そこでスピアを発射直後に避けるようにすると上手く行く。シルバートマホークが弱点。（Ｓｐｅｃｉａｌ ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 山田しんじさん）

ナイトマン
ヤマトスピア（溜めパンチでも可）があれば、盾を無視してダメージを与えられる。一応、ナイトクラッシャーを投げるときに無防備になるので、溜め撃ちを使う場合はその時に攻撃しよう。あるいは、敵のジャンプをくぐって背後から当ててもよい。ナイトクラッシャーは敵が腕を振り上げたときに自分がいた位置でターンするので、腕を上げるモーションを見たらすぐに後ろに下がるだけで簡単に避けられる。あるいは、（ある程度先読みが必要だが）敵が腕を振り上げた瞬間にジャンプすれば斜め上方に攻撃をそらせることも出来るし、同じく腕を振り上げたところに、溜めパンチを当てると攻撃そのものを止めることも可能。パターン自体は単純。（Ｓｐｅｃｉａｌ ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 山田しんじさん）

ケンタウロスマン
基本的には、図解（コレ）で紹介する位置にいると弾に対しては安全地帯になるので、この場所をキープする。片方の安全地帯に位置し、敵が姿を消した場合は約２秒程度待ち、すぐにもう片方の安全地帯に移動するとやり過ごせる（敵が前の自分がいた位置に出てくると成功）。一応、バスターを溜め始めて満タンになる時間が目安。体当たりには注意しておくこと。この方法を使えば、溜め撃ちだけでもかなりダメージを抑えて勝つことが可能。多少運にも左右されるが（ケンタウロスフラッシュを使われて、体当たりが来てしまうとダメ）、ナイトクラッシャーならノーダメージクリアもより簡単に出来る。（Ｓｐｅｃｉａｌ ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 山田しんじさん）

ウインドマン
少し浮くと踏み潰し攻撃が来るので、スライディングで離れよう。ウインドストームは大きく真上にジャンプすれば良い。風での吸い込みはスライディングで抵抗するか、敵の背後が無風なのを利用して、風に乗って大きくジャンプするか、一度わざとダメージを食らうかして背後に回り込んでも良い。この時、敵は無防備になるので逃さず攻撃しよう。また、溜めパンチを当てると風そのものを止めることも出来る。パターンが見切りやすいので、それほど強敵ではない。ケンタウロスフラッシュを使う場合、敵がダメージを食らって点滅しているときは攻撃できないので、無駄遣いに注意。（Ｓｐｅｃｉａｌ ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 山田しんじさん）

ラウンダーII
パワーアダプターの溜めパンチが弱点。戦闘開始前に予め溜めパンチをスタンバイし、始まったら前進してすぐ目の前の敵を叩き、すぐにまたパワーを溜め直す。そして画面端に着いたら、そこで１秒程間を置いてから反対側へ進む。すると丁度自分の目の前に敵が来るので、再びパンチを撃ち込む。この様な感じで画面全体を往復しながら敵を攻撃していけば、敵の弾に当たらずノーダメージで勝てる。また、フレイムブラストでも大ダメージを与えられるが、敵の側面に上手く当てないと無効になってしまうし、溜めパンチと違って当てても敵の進行方向は変わらないので、体当たりには十分注意すること。プラントバリアでも同様のダメージを与えられるが、この場合、敵を飛び越えながらバリアを出すようにすると比較的安全にダメージを与えられる。（Ｓｐｅｃｉａｌ ｔｈａｎｋｓ ｔｏ Ｒ＆Ｒさん・山田しんじさん）

パワーピストン
左端でいれば、落ちてくる岩に対しては安全地帯になる。弾は、自分の方に飛んできたやつだけを避けよう。左端からシルバートマホークで撃っていれば良いが、敵が画面約２／３から上ぐらいの位置にいないと当たらないので注意。また、ナイトクラッシャーでもそこそこダメージを与えられる。この場合は、画面中央からやや右寄りのところで待ち、地上から斜め上に狙い撃ちする（画面上から１／３よりも高い位置にいる時は垂直ジャンプで）。当てる際は、ナイトクラッシャーがＵターンする時に弱点の下からえぐり込むような感じで当たるようにする方が望ましい。ただし、この方法だと安全地帯が使えずダメージを食らうことも多いので、体力が多いときにやるようにし、なおかつ速攻で片づけよう。（Ｓｐｅｃｉａｌ ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 山田しんじさん）

メットンガーＺ
某アニメのパクリであるのは一目瞭然なボス（爆）。バウンドする弾は左端でいれば当たらないし、水平に飛ぶ弾はジャンプしなければ当たらない。弾が止んだらジャンプして頭にブリザードアタックを当てよう。ちなみに、溜めパンチでも大ダメージを与えられるが、この場合は敵が近づいてくるのを待って攻撃するように。一応、ジャンプボタンを強く押すと同時に攻撃ボタンを離して溜めを開放するようにすれば上手く当てられることが多い。（Ｓｐｅｃｉａｌ ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 山田しんじさん）

Ｘクラッシャー
左端でいれは、敵の体当たりに対しては安全地帯。地上を這う弾が来たら、少し引き付けてジャンプしよう。敵本体に当たることなく避けられる。フレイムブラストが弱点だが、溜めパンチを使えばフレイムブラストと同じダメージを与えられるだけでなく、敵を横に弾き飛ばすことも出来るので、こっちの方が楽かも・・・。（Ｓｐｅｃｉａｌ ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 山田しんじさん）

メカザウルス
左端にいれば弾に対しては安全地帯になるので、敵本体から出てくる足場を使って頭を攻撃しよう。ヤマトスピアが効果的だが、攻撃の有効範囲は鼻の頭から頭頂部のオレンジの突起のところまで（これは溜め撃ちを使っても同様）。また、ダメージ的には劣るものの、攻撃を当てやすいシルバートマホークやブリザードアタック、あるいはジェットロックマンを使って地道にダメージを与えるのも手。あるいは、足場を溜めパンチで押し返せば、（ダメージ量は少ないものの）頭に当てなくてもダメージを与えられるので、簡単に倒したい人にはオススメ。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 伝説の勇者さん・山田しんじさん・よしむらさん）

タンクＣＳII型
画面右端からゆっくりと近づいてくる。思い切って近づき、ウインドストームで砲台を狙う。また、遠くからヤマトスピアを連射してもかなりのダメージを与えられるし、ダメージは低いものの、ブリザードアタックやジェットロックマンで攻めるのも手。また、溜めパンチでもウインドストームと同じダメージを与えられるが、攻撃が激しいので敵が画面中央ぐらいに迫ってきた時にでも使うように。時々撃ってくる泡爆弾はジャンプして避けるか、壊してもいい。壊すとアイテムが出現する場合もある。左端に追いつめられないように、出来るだけ短期決戦を心がけよう。もし倒しきれずに追いつめられてしまった場合は、わざとダメージを食らって点滅している間に、スライディングで敵を反対側に無理矢理押し込んでしまうのも手。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 伝説の勇者さん・山田しんじさん）

ワイリーマシン６号
第１段階に限っては、画面右端が体当たりに対して安全地帯になる。方向キーを右に入れていれば、敵がプレスに来ても当たらない。弾は２発目だけをジャンプで避ければ良い。第２段階ではジャンプにフェイントがかかる。ジャンプ方向をよく見て、待つか下をくぐるか判断しよう。弾も１方向に変わるが、自分の方に飛んできた場合にはジャンプし、それ以外は無視すること。ちなみに、溜めパンチでも大ダメージを与えられるし（溜めなくても「２」減らせる）、ナイトクラッシャーでも「２」減らせるので、エネルギーが足りなくなった時に頼ってもいい。ただ、第２段階で溜めパンチを使うのはやや危険が伴う。（Ｓｐｅｃｉａｌ ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 山田しんじさん・ドリルダーさん）

ワイリーカプセル
最終ボス。出現したら攻撃して、大きく離れるのが基本。４方向に弾を撃つが、若干ホーミング機能があるので注意しよう。攻撃はこれだけ。大きく離れている場合、弾は避けるのは難しくはないが、もし食らい続けて体力が少なくなったらエネルギー缶を使おう。１個あれば勝てる。シルバートマホークが弱点だが、ワイリーマシンのときから連チャンになるので無駄遣いには注意しよう。もしエネルギーがなくなったら、低い位置に敵が出現するのを待って溜め撃ちを当てるか、溜めパンチやナイトクラッシャーに頼ってもいい。（Ｓｐｅｃｉａｌ ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 山田しんじさん）