2000年１１月３０日発売。今回は新たに「時間」の概念が導入され、時間が経つにつれてボスのレベルが上がったり、作戦に影響が出たりなどの、異なる展開が楽しめるようになった。Ｘ４のときとは違い、エックスとゼロを臨機応変に対応できるように任意で使用できたり、変更点も多い。

満を持して発売された作品であるだけに、ユーザーの期待は大きかった。そして、個人的にいくつか不満点はあるものの、全体的な作品の出来としては満足の行くものであったと思う。ただ、どのパターンでクリアしても、今回で完結のようにも解釈できるエンディングなので、正直次回作がどうなるか気になるところであるが・・・。

攻略の順番
まず、触れておかないといけないのが・・・

〜「時間」の概念＆ボスのレベル
・どこかのステージ（一度クリアしているか否かは関係なし）に行き、ステージセレクト画面に戻ってくる度に「１時間」経過する。
・一度ゲームオーバーになって「ステージセレクト」を選び、戻ってくると時間は経過したままになる。ただし、同じステージ内でコンティニューしても、時間は経過しない。
・２時間経過する度に、ボスのレベルが「２」アップする（初期レベルは、どのボスもレベル「１」）。
・ボスのレベルが「９」以上になると、クリアしたときにパワーアップパーツが手に入るようになる。
・クリア時に手に入るアイテムについては、ライフ（エナジー）アップはセレクトして「１時間」後、パワーアップパーツはセレクトして「２時間」後にそれぞれ手に入る。
・これらの時間経過は、コロニー撃墜（ｏｒ 墜落）した後にも適用される。

〜ボスから手に入るパワーアップパーツ
・グリズリー
＜ライフ＞ショックアブゾーバー／＜エナジー＞ハイパーダッシュ
・クラーケン
＜ライフ＞ハイパーチャージ／＜エナジー＞Ｚセイバーエクステンド
・ホタルニクス
＜ライフ＞ラピッド５／＜エナジー＞ショットイレイザー
・マッコイーン
＜ライフ＞スーパーリカバー／＜エナジー＞エナジーセイバー
・ペガシオン
＜ライフ＞ハイジャンプ／＜エナジー＞スピードムーブ
・ローズレッド
＜ライフ＞アルティメットバスター／＜エナジー＞Ｚセイバープラス
・ネクロバット
＜ライフ＞ウィルスバリア／＜エナジー＞ウィルスバスター
・ディノレックス
＜ライフ＞スピードショット／＜エナジー＞バスタープラス

今回の場合、今までとは違い上記の関連があるため、安易に攻略順を決めてしまうのは得策ではない。メインで使用するキャラや、入手できるアイテムとの関連とで、各自で順番を決めて欲しい。ちなみに、最初のステージで何度も「ゲームオーバー→ステージセレクト」を繰り返してボスのレベルを上げ続ければ、最大数である８つのパーツを揃えることも出来る。あと、ゼロの場合は三日月斬を持っていると全体的な攻略が楽になるので（攻撃のみではなく、移動能力が格段に向上するため）、楽にクリアしたい人は、最初にグリズリーを倒してもよい。
（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ　 ｔｏ フクノカミさん・ブブさん）

パーツアイテム全入手法
注：アイテムの中には、かなりテクニカルな方法で入手できるものもあるので、そのやり方については下に別項を設けているので、そちらを参照されたし。

ライフアップ（８つ）

１・グリズリーステージの中盤、大型トラックのトゲのついた屋根の上。ガイアアーマーか、ファルコンアーマー（１機犠牲）、あとはハイジャンプ装備の状態でアルティメットアーマーのギガクラッシュ（１機犠牲）で一応入手出来る。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ　 ｔｏ ブブさん）
２・クラーケンステージの最後の、左の電子扉を空けて部屋に入る。ガイアアーマーを使って入手する。ブロックの１個は足場として使うこと。
３・ホタルニクスステージの最初、壁を壊して下に降りる。ガイアアーマーやファルコンアーマー、１機犠牲にするなら、アルティメットアーマーのギガクラッシュや、ハイパーダッシュを装備した、ゼロでの飛水翔で入手。
４・マッコーインステージの中盤、沈没船の上下に通路が分岐した上に上がる。ガイアアーマーかファルコンアーマーで。ゼロなら、分岐までの途中でひび割れている天井があるのだが、そこを雷刃で壊せるので上に上がって取りに行ける。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 一勢さん）
５・ペガシオンステージの後半、エレベーターに乗って爆弾処理をするエリア内。２段目の広場の奥に置かれているので、手前の敵を倒して入手。
６・ローズレッドステージの最初。ガイアアーマーで壊せる壁の奥のエリア内。エリア最後はブロックを二つ使って（簡単なパズルになっているので）入手。
７・ネクロバットステージ後半の重力反転地帯。普通に取るなら天井のトゲが邪魔なので、その場所の敵にわざとぶつかり、無敵時間を利用して入手。
８・ディノレックスステージの最初、マグマ噴出地帯の左端に行き、下に降りる。取った後は急がないとマグマにやられるので注意。

１・グリズリーステージの後半、既に爆発しているトラックの一番前。
２・ネクロバットステージ前半エリアの最後。リフトの上からダッシュジャンプすると普通に取れる。

ホタルニクスステージの最初の吊り天井地帯。グランドファイアを使って入手。

ペガシオンステージ中盤の、下に降りていくエレベーター地帯のところ。３段目に置いてあるが、エレベーターに乗ったままだと取れないので、エレベーターよりも先に下に降りるように。

１・グリズリーステージの最後のエリア、トラックから降りた後のすぐ上に進むと入手できる。右に少し出ている壁につかまり、ダッシュ壁蹴りジャンプすると普通に取れる。
２・クラーケンステージの前半、バイク地帯に出てくる８つのアイテムを全て取ると、アイテム部屋が開くのでそこで入手。
３・ホタルニクスステージ後半、プラズマ装置地帯の途中で、何もないはずなのに上からプラズマが降りてくるところを上がり、クレッセントショットで装置を壊すと、奥に入れる。
４・マッコイーンステージ中盤の沈没船の最後のところ。一度ここをクリアしてから、ジェルシェイバーを使って奥の装置を壊せば入手できる。この時、溜めジェルシェイバーの氷をばらまいても壊せるので、右端に進み過ぎるのを防ぎたい場合はどうぞ。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ　 ｔｏ フクノカミさん）

１・ペガシオンステージ後半、エレベーター地帯を過ぎて外に出たところで、上に向かってファルコンアーマーで飛んでいけば入手できる。
２・ローズレッドステージ後半のロープ地帯の、天井がないところをファルコンアーマーを使って上に飛んでいけば入手できる。
３・ネクロバットステージの最後、ボスの部屋の手前の穴に入る。ウィルレーザーを使って内側から壁を壊すと入手できる。何度も失敗してエネルギーがなくなった場合は、そこにあるトゲでわざと死んでやり直そう（爆）。
４・ディノレックスステージの後半、アーマーに乗ってマグマの中を進んだ奥で入手できる。あるいは上のルートを通り、ロープのところからファルコンアーマーで飛んでいくか、ハイジャンプ＆ハイパーダッシュ装備でのダッシュジャンプ、アルティメットアーマーのギガクラッシュで取れる。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ　 ｔｏ 野呂さん・ブブさん）

１・零空間ステージ３面の中盤、トゲ地帯を越えたところにある穴（動かないエレベーターが目印）のところを下に降りるとカプセルがあるので入手できる。
２・ゲームスタート時のキャラセレクト画面で、エックスにカーソルを合わせ方向キーを「上２回、下９回」と入力してから選ぶとアルティメットアーマーが、ゼロにカーソルを合わせて方向キーを「下２回、上９回」と入力してから選ぶと黒ゼロがそれぞれ最初から使える。

・黒ゼロになると、ショックアブゾーバー、ショットイレイザー、ウィルスバスターを最初から装備しているのと同じ状態になる。当然、この状態はアイテム装備とは見做されないので、この後でも好きなパーツを４つまで付けられる。

・アーマー、黒ゼロ共に、特殊武器の使用回数をノーマル時の１．５倍にしてくれる。

・１、２をうまく併用するとアーマーと黒ゼロ両方が使えるが、１の方法で入手した場合、黒ゼロはカプセルに入るだけで即使えるが、アーマーの場合は一度ステージをクリアするか、ゲームオーバーになってステージセレクトに戻らないと使えるようにならないので注意。

また、他の１機犠牲なやり方でも言えるが、アイテムを取った瞬間ステージからＥＸＩＴすれば、１機無駄にせずに済む。その時の状態によってはかなりシビアではあるが。

■ローズレッドステージのアーマーパーツ
一応、ゼロでも取れる。まずはハイジャンプのパーツをつけ、ロープから・・・

１・２段ジャンプで左側の壁のトゲの上にある小さな出っ張りに手をかける。
２・そこから右のほうに降り、２段ジャンプですぐ上（左側の壁）の大きな出っ張りへ。
３・トゲに当たらない様にして、三角蹴りで右上のカプセルへ。

■ペガシオンステージのアーマーパーツ
これまた、ゼロでも取れる。ハイジャンプ、ハイパーダッシュをつけて・・・

１・斜めリフトの所でシグマウイルスにあえて感染。
２・ウイルス状態の無敵を利用して上の方にあるトゲブロックからダッシュジャンプ。

１回目…リフトに乗らず、２段ジャンプでシグマウイルスに感染。
２、３、４回目…リフトに乗った後、右側へダッシュジャンプなどして画面をスクロールさせてシグマウイルスを復活させる。

■武器タンク（ペガシオンステージ）の簡単な取り方

１・リフトに乗った後、すぐ降りて、しばらく待つ。
２・リフトが下まで降りた音がした後、下に落ちる。
３・スクロールの関係で、武器タンクが本来置いてある場所に出てくる。

ホタルニクスステージの中ボスは、色違いの砲台しか破壊できない。闇雲に動き回るよりは、画面中央で待機し、左右のどちらかに出た砲台に反応して破壊するのが良い。壊すのが間に合わなかった場合、レーザーの間に入れるスペースがあるので（合わせはさほどシビアでもない）やり過ごそう。

ペガシオンステージの爆弾は処理に失敗すると大きなダメージを受ける。ゼロの場合、ザコが邪魔しているところは電刃で床の下から斬ったり、滅閃光を使うとよい。それらが無い場合は爆発の瞬間にザコの弾に当たればダメージを少なくできる。エックスの場合は、ギガクラッシュの無敵でやり過ごすのも手。

マッコイーンステージでは、デスエベンジと３回戦わないといけないが、１回目のとき、レーザーはそのまま立っているだけで避けられる。１回目と２回目の場合、共にエックスならクレッセントショットの溜め撃ちを使い、弱点に近づいているだけで倒せる。ゼロの場合は最初は雷刃を出し続け、上の主砲を破壊したら後は三日月斬をやりまくって倒そう。３回目はゼロの滅閃光を使えば下の砲台は一発で 壊せるが、すぐに砲台は復活してしまうので、エネルギーがなくなってきたら敵にわざとダメージを喰らってエネルギーを稼ぐか、あるいは（敵を倒して出現する）ライフエネルギーで稼ぐかしよう。エックスの場合は、これまたクレッセントショットの溜め撃ちを使ってうろうろ歩いているだけでかなりいける(笑)。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ　 ｔｏ 野呂さん）

零空間ステージ１面のレーザー地帯は、ダッシュジャンプ中の残像のついた状態で落下しつつ左右移動を行うとよい。ただ、この時に壁につかまってしまわないように注意しよう。手堅く行くならダークホ−ルドを活用。ちなみに、ガイアアーマーでもクリアできなくはないが、動きが遅くなるのとダークホールドが使えなくなるので大変危険。腕に自信のある人はどうぞ(爆)。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ　 ｔｏ 野呂さん）

ディノレックスステージ前半で、マグマが迫ってきた時に絶妙なタイミングでギガアタックを使うとマグマをやり過ごせられる。ただし、なぜかガイアアーマーのギガアタックでないと出来ないし、タイミングもかなり難しいので実用性は低い(爆)。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ　 ｔｏ ブブさん）

シグマ
オープニングステージのボス。口が開いたときにしかダメージを与えられないので注意。

〜攻撃パターン
・目からの弾
壁につかまり、引き付けてから避ける。

・口からの無数の弾
しゃがんでいれば当たらない。ゼロの場合はしゃがんだままで待ち、近づいてきたところを攻撃。

・口からのレーザー（体力が少なくなったとき）
これもしゃがんでいれば当たらない。

クレッセント・グリズリー
エックスはスパイクロープ、ゼロは双幻夢が弱点。ちなみに、ゼロの三日月斬は効かないので注意。また、ゼロの場合は滅閃光も少し効くが、ダメージ量が少ないのと消費エネルギーが大きいのとで、これだけで倒すのは無理だろう。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 野呂さん）

〜攻撃パターン
・クレッセントショット
地面のくぼみに入るか、しゃがんでいれば当たらない。ショットイレイザー装備（ｏｒ黒ゼロ）のゼロなら、セイバーで叩き落とせる。

・ジャンプ→落下→地中から攻撃
敵がジャンプした後に少し待ち、落ちてきたところをダッシュジャンプで避けてから攻撃。地面が高いところで待っていた場合は手前の壁から爪で引っかいて、低いところで待っていた場合は地面からドリルで攻撃してくる。両方とも、出てきたところを攻撃する。

・大きいクレッセントショット（体力が少なくなったとき）
壁に登って１番上にいれば当たらない。最初とは違い、しゃがんだりくぼみに入って避けることは出来ない。また、パワーアップしたゼロのセイバーでも壊せないので注意。

ボルト・クラーケン
エックスはジェルシェイバー、ゼロは飛水翔が弱点。戦っているときに時々出現する足場は、電流が流れているときに触るとダメージを受けるので注意。

〜攻撃パターン
・トライサンダー
上下に発射するものは壁に沿って向かってくる。地上で避けるときは、間を縫うようにジャンプで避けよう。ただ、点滅しはじめると当たり判定はなくなる。

・地面での電流
体力がある程度になると仕掛けてくる。地面に近づいてきたらほぼ間違いなくこの攻撃が来るので、壁の一番上まで上がり、ダッシュ壁蹴りジャンプで反対側に移動、そのまま降りてくるようにすれば（つまり、フィールド内を一周するように）、戻ってきた頃には消えている。

・触手を広げ、広範囲にサンダー攻撃（体力が少なくなったとき）
下から撃ってくるパターンと横から撃ってくるパターンとがあるが、両方とも空中の足場の高さにいれば当たらない。ただ、下からのパターンを避けるときには、足場の電流には注意しておくこと。

シャイニング・ホタルニクス
エックスはトライサンダー、ゼロは雷刃が弱点。

〜攻撃パターン
・ワープ＆移動の繰り返し
自分の高さをサーチしてやってくるので、やや高い位置に引き付けておき、移動後の隙に攻撃する。体力が少なくなるにつれて、移動スピードが速くなるので注意しておこう。

・ウィルレーザー
ある程度の距離を移動すると消滅するので、敵の反対側に位置し、少し弾を移動させてからダッシュで敵のいる側に移動する。また、ショットやセイバーで壊すことも出来る。これも、敵の体力が少なくなるにつれて、弾のスピードが速くなる。

・溜めウィルレーザー（体力が少なくなったとき）
横に撃つパターンと、縦に撃つパターンとがある。横に撃つ場合はしゃがんでいれば避けられるが、発射直前に敵の背後に回り込んでおけば、発射後にダメージを与えられる。縦に撃つ場合は、発射直前に敵の背後の壁に張り付いておかないと避けられない。

・光の弾（体力が少なくなったとき）
地面に置かれた弾には当たり判定がないので、敵が弾を全部置いて移動を開始したら、即ダッシュで最初に敵がいた側に移動し、壁に張り付いておけばそのままやり過ごせる。

タイダル・マッコイーン
エックスはクレッセントショット、ゼロは三日月斬が弱点。このボスの場合は弱点攻撃がかなり有効。始まったらすぐ敵に近づき、氷のブロックを出される前に弱点で攻撃、無敵時間が解けたらまた攻撃・・・をひたすら繰り返す。ゼロの方がやりやすいが、エックスの場合、溜めクレッセントショットを使えばゼロに近い感覚でダメージを与えられる。パターンが変わって、敵が左へ移動し始めると、その時は隙だらけなので、なるべく次の攻撃に入る前に倒してしまおう。

補足：その他の攻撃方法
（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 一勢さん）
まず、ゼロの場合は断地炎を持っているのが絶対条件。敵の攻撃パターンとしては、「氷の地形を作る」→「地形を作るのを止め、ジェルシェイバーを発射する」となっていて、この間までは敵に直接触らない限り、ダメージを受けることがない。そこで、地形を作っている間はエックスなら溜め撃ちで、ゼロなら高い位置から「断地炎→連続攻撃」のコンボを入れて攻撃、ジェルシェイバーが発射されたら弱点攻撃で中断させる。こうすれば、弱点攻撃のみのときよりはやや早く、後半のパターンまで持って行ける。

スパイラル・ペガシオン
ダークホールドで動きを止められる。ゼロの場合は動きを止めた後、ひたすらしゃがみ斬りを繰り返しているだけで倒せるが、エックスの場合は止めている間には倒せないので、他の攻撃を避けつつ溜め撃ちで倒す。ちなみに、ダークホールド使用中は、コントローラーの設定を「連射オフ」にしておかないと溜め撃ちを使うことが出来ないので注意しておこう。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 野呂さん・ブブさん）

〜攻撃パターン
・体当たり＆疾風
体当たりはジャンプで避ける。疾風が来る前は敵の動きが少し止まるので、動きが止まってから１秒ぐらいしてジャンプすればそのまま避けられる。

・空中からの体当たり
上記のパターンに混ざって仕掛けてくる。敵が浮き上がったら、すぐ近くの斜め下で待ち、動き出したら即ダッシュで反対側に抜ける。直後には必ず体当たりが来るので避ける準備をしておくこと。

・連続体当たり攻撃（体力が少なくなったとき）
残像を残して空中に消えていくのが合図。この攻撃で怖いのは、下に落とされてしまうことなので、フィールドの中央に必ずいるようにしよう。中央でいる限り落とされることはないので、それだけは最低限守るように。あと、中央でも空中で下からの体当たりを食らうと、ほぼ確実に画面端まで落とされてしまうので注意。ファルコンアーマーの飛行なら、ノーダメージですり抜けることが出来る。

普通に避ける場合は、一定の間隔ごとに次の体当たりが来るので、まずはそのタイミング見切ること。タイミングを見切ったら、画面に現れる前に少し前にジャンプ。斜め上、左右からの体当たりなら、敵と反対の方向に十字キーを押す。下からの体当たりなら右か左に十字キーを押す。１００％確実ではないが、このやり方でほぼ避けられる。

・ウィングスパイラル（体力が少なくなった場合）
連続体当たりの後に来るパターン。避け方としては、正面で避けるよりも、上記の「空中からの体当たり」パターンの要領で、斜め下で待って攻撃が来たらダッシュで反対側に抜けるようにした方が良い。もちろん、回避後は即攻撃しよう。ダメージを確実に回避したいために、あまり動きたくない人(笑)は、ゼロの場合は真下から三日月斬、エックスの場合は溜めクレッセントショットを撃ちながら真下からホバリングで、大きなダメージを与えられる。また、あまり減らせられないが、トライサンダーやウィルレーザー、グランドファイアでも真下から攻撃は出来る。

スパイク・ローズレッド
エックスはグランドファイア、ゼロは断地炎が弱点。このボスはパターンが複雑で、普通に戦うとかなり苦労するので、弱点攻撃も織り交ぜつつ、攻撃を中断させながら戦おう。ちなみに、エックスならウィングスパイラルでグランドファイアと同等のダメージを与えられる（この時に攻撃は中断されない）。ゼロの場合は「断地炎＝疾風」（ダメージ量）とはならない。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ ｔｏ フクノカミさん・ブブさん・Ｄｒ．Ｋさん）

〜攻撃パターン
・スパイクロープ
画面内を反射するものと、水平に撃ち出されてしばらく残るものとがある。前者の場合は破壊できるので、あまり飛び回らない内に（出来れば出した瞬間に）処理すること。後者の場合は、出してくる構えを見せたら壁まで移動。スパイクロープが来たらダッシュジャンプで回避。これで敵とスパイクロープの間に広いスペースが出来るので、あとは攻撃。

・分身攻撃
迷いそうな感じだが、先にジャンプした方が本物。しばらくすれば消えるが、混乱してきたら弱点攻撃で中断させよう。

・鞭攻撃
鞭の攻撃範囲外から攻撃する以外にも、高い位置に出すものはしゃがんでいれば当たらない。しかも、この時は敵は無防備になるので、ゼロの場合はその状態でしゃがみ斬りを出しているだけでかなりの体力を削れる。ちなみに、この攻撃に限ったことではないが、敵はジャンプでしか移動しないので、この攻撃に備えて敵の目の前でしゃがんで攻撃、というスタンスでやっても構わない（目の前でいきなり体当たり、なんてことがないため）。分身攻撃の場合は、上下段交互に出す場合もあるので、壁に逃げるか弱点で攻撃した方が無難。

・花びら攻撃（体力が少なくなったとき）
画面全体を覆う攻撃。これだけなら避けるのは簡単だが、分身＆鞭攻撃と一緒に来た場合は注意しておこう。もちろん、混合で来た場合は弱点攻撃で中断しよう。

ダーク・ネクロバット
エックスはウィルレーザー、ゼロは滅閃光が弱点。基本的には画面内を上下左右に動きまわっているだけなので、弱点攻撃よりも他の攻撃でダメージを与えている方が早く倒せる。ちなみに、コイツに対してダークホールドを使っても、効果自体がかき消されてしまう。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ ｔｏ ＳＩＭＯＮＺさん）

〜攻撃パターン
・大量の雑魚
正面に強い武器で雑魚を一掃しつつ、ボスにダメージを与えよう。エックスの場合、フォース（アルティミット）アーマーでの溜め撃ちが特に有効。

・空中からの体当たり
敵の動きが一瞬止まるので、動き出したら即（敵の動きと）反対側にダッシュする。つかまるとエネルギーを吸われてしまうので注意。

・超音波＆ダークホールド（体力が少なくなったとき）
超音波はショット類（ファルコンアーマーでの溜め撃ち、ゼロの滅閃光は除く）を殆ど貫通しないので、避けに専念しよう。高い位置に飛んでくるものはしゃがんで避けられる。その後、ダークホールドを使うための溜めモーションに入るが、この時に溜め撃ち（ノーマルバスターでは駄目）を当てれば中断させることが出来る。ゼロの場合は、超音波のときから滅閃光を使ってパターン自体を中断させよう。

バーン・ディノレックス
エックスはウィングスパイラル、ゼロは疾風が弱点。攻撃が激しいので、避けられないと思ったときは弱点攻撃でパターンを中断させつつ戦おう。大きくジャンプしたときは隙だらけなので、底を狙うように。

〜攻撃パターン
・体当たり
大きくジャンプした少し後に来ることが多いので、攻撃した後は避ける準備をしておこう。

・グランドファイア
２発発射してくる。壁に上がっていれば安全だが、火の粉には注意。パワーアップしたゼロのセイバーなら叩き落とせる。

・壁に張り付いてからの体当たり
体力がある程度になると仕掛けてくる。敵が壁に張り付いたら、自分も反対側の壁に張り付き、少し引き付けてから下に降りよう。

・壁に張り付いてからの４発の炎
これも体力がある程度になると来る攻撃。上記の体当たりと二択で来ることが殆どなので、こちらも一旦壁に張り付き、攻撃を少し引き付けてから避ける。１発目以外は、地上でのダッシュで避けよう。これも、パワーアップしたゼロのセイバーなら叩き落とせる。ただ、この直後に体当たりが来ることが多いので、避ける準備はしておくように。

・地面を覆う炎（体力が少なくなったとき）
敵がすばやいバックジャンプをするのが攻撃の合図。壁に上がっていれば当たらない。

・突進＆火柱
一番回避しづらい最強の攻撃。壁に上がったままでは、敵の突進で下に落とされてしまうので、敵が近づいてきたら壁からのジャンプで火柱の間にうまく入りつつ、下に降りる。ゼロの場合、飛水翔があれば少しは楽になる。そして、この攻撃の後には、壁に張り付いてからの体当たりが来ることも多い。

ダイナモ
２回出現する。エックスはウィングスパイラル、ゼロは疾風が弱点だが、使わない方が早く倒せる。

〜攻撃パターン
・刀を投げる攻撃
この時は隙だらけなので一気に攻撃しよう。刀はブーメランのように戻ってくるので、その点だけには注意。攻撃の後には、刀を振り回して防御することが多い。

・ジャンプして、刀をなぎ払う攻撃
エックスのときだけの攻撃パターン。敵がジャンプしたら即ダッシュし、刀を振られる前に敵の反対側に大きく逃げる。当たり判定が大きいので、敵に近い位置だと当たってしまう。

・ジャンプして、弾を撃つ攻撃
ゼロのときだけの攻撃パターン。最初は下に弾を撃つが、自分と横軸が合うと左右に分裂する。地上で待ち、１発目が分裂したところをジャンプで避けて攻撃しよう。２発目はこのジャンプ中に勝手に分裂してくれるので、避けることは考えなくてもいい。

・画面を覆う火柱（２回目のときのみ）
敵が溜めのモーションに入ったら、即敵の真横に移動する。ここにいるだけで、１回目と２回目は楽に回避できる。２回目が消えたら即ダッシュし、敵の反対側に大きく逃げよう。

シャドーデビル
時々現れる目玉しか攻撃を受け付けない。エックスはトライサンダー、ゼロは雷刃が弱点となるが、これもまた使わない方が早く倒せる。

〜攻撃パターン
・分裂→合体
敵の破片は４つの高さがあるが、上の２つは無視して構わない。一番下のをジャンプ、二段目のをしゃがんで避けるようにすれば良い。ちなみに、２回目以降の分裂のとき、残っている敵の影（緑色の輪郭みたいなやつ）に触ると大ダメージを受けるので注意。合体し、弱点が出現すると２発の弾を発射するので、うまく間を縫って攻撃する。エックスの場合、ハイパーチャージを装備しておけば、最大３発まで溜め撃ちを当てられる。

・左右からの破片攻撃（体力が少なくなったとき）
破片の移動が２回で中断し、左右に分かれたときはこのパターン。左右が同じ段で飛んでくるときは、「中段→下段→下段→中段」の順で飛んでくる。交互に飛んでくるパターンは非常に避けづらいので、ある程度はダメージを受けることを覚悟しておこう。ゼロなら、滅閃光の無敵でやり過ごすのも手ではある。

・ワイリーマシン（？）に変身、突進→ジャンプ（体力が少なくなったとき）
最初の突進は反対側の壁で待ち、迫ってきたらダッシュ壁蹴りジャンプで反対側に逃げる。ジャンプはダッシュでくぐればいいが、下に付いているトゲに当たると即死してしまうので、くぐるときは一気にくぐってしまおう。ジャンプ後は弱点が比較的長時間出現するので、出来るだけ早めに決着を付けてしまおう。

ランダ・バンダ
破壊ポイントが４つあり、それぞれ違った攻撃を仕掛けてくる。エックスの場合、（赤い目玉を除いては）溜めクレッセントショットで大ダメージを与えられるので、フォース（アルティミット）アーマーで来るか、あるいは後半のパターン対策（後述）のためにファルコン ｏｒ ガイアアーマーで来ても良い。ゼロの場合は三日月斬でひたすら斬ってやろう。

〜攻撃パターン
・青い目玉
自分がいる位置をサーチして突進してくる。止まっているときに攻撃し、動き出したらダッシュで逃げる。

・赤い目玉
一直線に数珠繋ぎになった弾を、回転させるように発射する。最初は必ず縦に発射するので、水平になるまではひたすら攻撃、水平になったらダッシュ壁蹴りジャンプで反対側に逃げる。

・緑の目玉
破壊できる弾を大量に発射してくる。エックスの場合、溜めクレッセントショットを使って近づいていれば、攻撃と防御とを同時に行ってくれるので楽。あるいは、フォース（アルティミット）アーマーでの溜め撃ちを使ってもよい。

・左右からの壁＆火の玉
時々、左右から壁が迫ってきて地面にトゲが発生し、その中で火の玉が飛びまわる攻撃が来る。攻撃するよりも、避けに集中した方が良い。また、他の目玉を倒さずに火の玉を先に倒してしまうと、壁が迫っているままで目玉の攻撃を避けないといけなくなるので、３つの目玉は先に倒しておくこと。後半になると、左右からもトゲが出現するようになる（ただし、このトゲはすぐに消える）。これについては生え際を見て、トゲのないところにいるしかないが、パターンによっては難しいので、エックスならファルコンアーマーの飛行で空中に逃げるか、ガイアアーマーで来ても良い。ゼロなら、２段ジャンプを使って出来るだけ空中で粘る。

ゼロ
エックスで零空間ステージ３面に来ると、ボスとして登場する。また、シナリオ上でコロニー破壊に成功したかどうかで、攻撃パターンが変化する。溜め撃ちを使うのが基本だが、ガイアアーマーで来て、敵の正面でギガクラッシュを使えば、それだけでもかなりの体力が削れる。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 一勢さん・Ｄｒ．Ｋさん・ブブさん・ＳＩＭＯＮＺさん）

〜攻撃パターン
・バスター２発＆セイバー（覚醒してないとき）
距離を大きく取っていると間違いなく来る（下の覚醒後のパターンも同様）ので、この攻撃を誘いたい場合は、始まったら即左の扉の前に移動し、待つ。大きく離れたままでバスター２発を１発ずつ垂直ジャンプで避ける。そうすれば、２発目のバスターを避けた後、頭上をセイバーが勝手に通り過ぎてくれる。その後は、体当たりが来たらダッシュジャンプで避け、大きく反対側に離れる。体当たりしなくて攻撃してきた場合や、反対側に逃げたときの避け方も同じ。誘導中、たまに地面からの弾（下記参照）を出す場合があるが、この攻撃のみを誘いたい場合はこの動きでＯＫ。

・リング弾２発＆セイバー（覚醒しているとき）
覚醒しているときは、上記のパターンの替わりにこの攻撃が来る。最初に扉の前で待つのは上記と同じ。１発目をギリギリまで引き付けて壁に上がり、２発目を１発目のすぐ上の場所に来るように誘導する。誘導したらすぐに壁の上の方まで上がり、そのままダッシュ壁蹴りジャンプで敵の背後に回るように移動する。こうすれば、２発目のリング弾の後に来る、セイバーと体当たりを一度にやり過ごすことが出来る。着地した後、２発のリング弾が自分の方に向かってくるので、ジャンプで避ける。

・地面から弾を出す攻撃（両者共通）
実は、覚醒しているか否かを問わず、敵の真横に張り付くことでこの攻撃を誘うことが出来る。そして、敵がモーションを構えたらすぐに敵との距離をちょうど１キャラ分空けるだけで、攻撃をやり過ごすことが出来る。攻撃を避けたら、また敵の横に張り付いて・・・を繰り返すだけで、上手くいけばノーダメージで勝つことも可能。

・巨大な衝撃波（覚醒しているとき）
あまり長時間粘っていると、敵の前方全体をカバーする巨大な衝撃波を出してくる。これに当たると即死してしまうので、出される前に倒さないといけない。強いて言うなら、アルティミットアーマーのギガクラッシュを連発するしか回避方法はない。あるいは、ファルコンアーマーの飛行で画面の一番上を飛んでいれば当たらないが、飛行の時間が切れると下に落ちるので実用性はあまりない(爆)。

エックス
ゼロで零空間ステージ３面に来ると、ボスとして登場する。普通に三日月斬で攻撃してもいいが、滅閃光を使えば８発で倒せる。あるいは、断地炎でもダメージが大きい。ちなみに、エックスの攻撃はどれも、前兆に溜めのモーションが出るので、落ち着いて対処できる。

〜攻撃パターン
・溜め撃ち
身体の色が青のときに仕掛けてくる。普通にジャンプで避けるか、パワーアップしているならセイバーで叩き落とせる。ただ、直後に体当たりが来る場合もあるので注意しておこう。

・ソウルボディ
身体の色が黄色のときに仕掛けてくる。自分の位置をサーチして飛んでくるので、止まらずに壁に上がったりしつつ誘導して回避しよう。５発飛んでくる。

・ダブルサイクロン
身体の色が緑色になると仕掛けてくる。画面の中央に移動するのが合図なので、左右どちらかの壁の上でやり過ごそう。

・フロストタワー（体力が少なくなったとき）
身体の色が水色になると仕掛けてくる。攻撃の前は必ず空中に浮く。１発→２発→３発と落ちてくるので、間に入れば楽に避けられる。この攻撃のときは隙だらけなので、敵の攻撃の前後を狙って攻撃してやろう。

シグマ
エックスはトライサンダー、ゼロは雷刃が弱点。

〜攻撃パターン
・突進
自分が壁にいると、左右の壁をジャンプで伝わって上がってくる。この時は隙だらけなので、溜め撃ちや三日月斬で狙う。

・サンダーボール
突進で壁から降りてきた後に来ることが多い。壁に上がっていれば問題無し。ただ、ゼロの場合は無理に攻撃しようと思わないこと。

・衝撃波（体力が少なくなったとき）
画面右端にワープすると仕掛けてくる最強の攻撃。当たるとかなりのダメージを食らってしまう。高さには３種類あり、一番高いものはしゃがんで、一番低いものは壁の一番上でそれぞれ回避できる。問題は上下に別れて来るパターン。エックスの場合はフォース（アルティミット）アーマーのホバリングや、ファルコンアーマーの飛行で衝撃波の間に入るか、地上からジャンプして間を縫うように避けるしかない。ゼロの場合は滅閃光の無敵でやり過ごそう。

・ウィルス（体力が少なくなったとき）
身体に３つのウィルスを纏い、上記３つの攻撃を仕掛けてくる。このまま放っておくと、突進の攻撃が避けづらくなってしまう。ウィルスは破壊できるので、出現したら早めに壊してしまおう。

シグマ（最終形態）
額の部分が弱点。エックスはスパイクロープ、ゼロは双幻夢が弱点。ただ、ゼロの場合は三日月斬で攻めた方が断然早く倒せる。大まかには、巨大な両腕を駆使した攻撃と、両腕が引っ込んでの本体による攻撃とに別れる。後者の場合、弱点がずっと現れっぱなしになるので、隙あらばどんどん攻撃しよう。（Ｓｐｅｃｉａｌ Ｔｈａｎｋｓ ｔｏ 野呂さん・フクノカミさん・ドリルダーさん）

〜攻撃パターン
・両腕の突進
気を付けないといけないのが、最初にいきなり両腕が襲い掛かってくる場合があるということ。このとき、目で見てから「来た！」と思ってジャンプしても間に合わないので、最初から両腕がくるつもりでジャンプしよう。もちろん、片腕のみが襲ってきたり、溜め撃ちの攻撃がくる場合もある。また、ゼロの場合、タイミング的に落下地点で拳に挟まれて即死するケースがあるようなので、最初のジャンプで２段ジャンプを使うのは止めた方がいい。

以降は、片腕がそれぞれランダムで仕掛けてくる（両方同時に来ることもある）ので、必ずしも一定してないが、動きとしては自分が地上にいる場合は水平に、壁の高い位置にいるときは斜め上に飛んでくる。その時その時の状況で判断して、広い位置に逃げよう。なお、両腕が出現している間、ゼロの場合は三日月斬で出来るだけ斬り付けておこう（その理由は後で分かる）。ちなみに、エックスのガイアアーマーなら、弱点と同じ高さにいて溜め撃ちを繰り返すだけでかなりのダメージを与えられる（両腕も無視できる）。

・両腕の溜め撃ち
上記の攻撃に混じって、これまた片腕がそれぞれランダムで仕掛けてくる。発射の前は腕のハッチが開くので、それよりも高い位置の壁の上で避ける。パワーアップしたゼロのセイバーなら、破壊することも出来る。

・４つのサーチ弾
本体が仕掛けてくる攻撃。弾が発射されたら左の壁で待ち、飛んできたらダッシュ壁蹴りジャンプで大きく右に逃げる。このジャンプ中のときに攻撃できるとなお良い。右に逃げた後は、弾が飛んでくるのを待って左へとダッシュしよう。

・雷ビーム
巨大な腕が上から降りてきて（自分の位置をサーチして降りてくる）、少し経つと雷ビームを発射する。腕が下りてきたら左端に移動する。ビームが発射されたら、わざと食らって（ダメージ的には大したことがない）すり抜け、腕が動いていくのを見送る形で待つ。あるいは、中に入って一緒に移動しても良い。見送った場合は左上に移動し、戻ってくるまでに攻撃して腕を破壊する。ゼロの場合、両腕があるときに多くダメージを与えておけば、最初の腕が下りてきたときに滅閃光を連発すれば、ビーム発射の前に腕を破壊できる（上手く行けば１発で済むことも）。

・紫色の正方形（体力が少なくなったとき）
一番避けづらい最強の攻撃。避け方としては・・・

１・両腕が引っ込んだら、画面左から四分の一程のところ（背景の黄色のパーツ右がある位置）に移動して待つ。
２・立方体攻撃が来たら、右に大きくダッシュジャンプし、画面右端から一キャラ分離れた位置に着地する。
３・ダッシュで左に切り返し、画面中央まで行く。
４・左側の壁の真ん中にダッシュジャンプで跳びつく。
５・右に壁蹴りダッシュジャンプで跳び、空中制御をして画面中央に着地する。

誘導が完璧なら立方体は頭上に実体化しているはず。下に潜り込んで立方体を下方向に誘導し、その後は追いかけてくる立方体から逃げるように反時計回りに動く。出来るだけなら、最終的には最初に待機した同じ位置に自分がくるように避けるのが理想。そうすれば連続できても同様に避けられる。